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内设机构6个：分别为办公室（与党委办公室、纪检监察室、审计室合署）、人事科（与离退休人员管理科合署）、财务科、地质与环境技术科、工程地质施工安全管理科、总工办。
下设机构8个：分别为自然资源调查所、三稀资源所、水文与灾害地质调查所（地质灾害防治所）、工程地质勘察设计所（广东有色工程勘察设计院惠州分院）、测绘遥感信息所、地球物理勘查所、地球化学与测试所（环境地质调查所）、地质事业发展中心。